一般认为，伊斯兰教是公元622年创立于阿拉伯半岛上的麦地那，并在随后几个世纪里依靠“刀剑”，在中东这个“五海三洲之地”杀出了一条血路，迅速崛起为世界三大宗教中传播速度最快、传播效率最高的一种。

究其所以，一神教的排他性（信奉伊斯兰教则非但不能信奉其它神，而且必须与之为敌）、政教合一和信仰与利益捆绑（非穆斯林需要缴纳名为“吉兹亚”的人头税，且在许多领域遭受歧视和限制），和对信奉异教者的武力征服态度，让中世纪大多数与伊斯兰教对抗的政权、势力往往感受到沉重压力，许多背后缺乏强大宗教、文化和势力撑腰的地方政权、部落和宗教，不免在重压下被吞噬、妥协、同化或迁徙。从南欧、北非到东亚、南亚，中世纪伊斯兰教的兴衰进退，往往与其兵锋所及息息相关，胜则所过之处纷纷伊斯兰化，败则不免如伊比利亚半岛上的摩尔人，得到对手“以彼之道，还施彼身”的报复。

然而凡事都有例外，当今伊斯兰教的重镇之一——东南亚各国，尤其南洋各岛屿、半岛（印尼是穆斯林人口最多的国家），在伊斯兰教传播的过程中，几乎没有经历过激烈的宗教武装冲突，更从未有属于穆斯林帝国、王国的大军征服过这里。

史书记载，东南亚各国迄今最早发现的确凿伊斯兰教痕迹，是印尼东爪哇莱兰所发现的一块属于女性穆斯林的墓碑，立碑时间为1082年，墓主系外国人，种种迹象表明，她系跟随阿拉伯商船来到这里。

早在伊斯兰教兴起前，从中东绕过印度半岛、马来半岛的海上丝绸之路便已畅通，善于经商的中东各民族常通过这条通道在中东和中国间往来贸易，并将居于航线中枢的南洋各岛当作“东道”，得此便利，原本文化、政治发展较为滞后的南洋各岛，吸收了许多东方和西方的“养分”，其中当然也包括宗教。在伊斯兰教之前，印度教、佛教等也都循此通道传播来此，并逐渐流传开来。

公元13世纪中期以后，业已受到伊斯兰教统治的印度，将一种糅合印度、佛教秘密学派特点的伊斯兰教派别——逊尼派苏菲教派，循海上丝绸之路传到了离印度最近、受印度文化影响最深的苏门答腊岛。苏菲教派和其它伊斯兰教派最大的不同，是带有秘密团体属性，并讲究各种神秘的程序、仪式，既容易“抱团”，又符合习惯于印度系佛教、印度教神秘色彩的南洋印度裔和当地人的“口味”，而这种一神论的宗教又因其“排他”的先天性，很容易在众多多神教中占据生存空间，因此到了13世纪后半叶，苏门答腊岛上率先出现了一些伊斯兰教国家，如马可波罗在游记中提到的八尔剌，和留下最早南洋本土穆斯林国家确凿物证（马利克.萨赫勒苏丹墓碑，立于1297年）的须文答腊等。

当时距离南洋穆斯林地区最近的伊斯兰教大帝国，是位于印度半岛上的德里苏丹国，但德里苏丹国的实力有限，对印度的伊斯兰教化努力收获仅限于部分地区和部分上层，和南洋较接近的印度中部、南部是其影响力较薄弱的地方，因此他们并不足以跨海支持苏门答腊岛上的穆斯林政权，但无论如何，背靠“后台”的感觉是比较好的，这足以让苏门答腊人有勇气抵御强势爪哇人的进攻。

公元1403年，爪哇岛以至南洋最强大的国家——马六甲王国建立了。这个强大的王国带有浓厚的“混搭”色彩：其历任国王既有印度教也有伊斯兰教系统的名字和尊号，境内则伊斯兰教、印度教和佛教一度并行不讳。如前所述，上述三种宗教都是循海上丝绸之路传入的舶来品，且都或多或少带有印度色彩，但在传播过程中，伊斯兰教这种一神教对统治者的便利很快凸显无疑，到第二代或第三代马六甲王在位期间，伊斯兰教被明确定义为“国教”，从而享受了凌驾于其它宗教的地位，而爪哇这个南洋当时人口密度最大的地区也因之很快被伊斯兰化。

作为海上贸易中心和南洋第一盛国，马六甲幅员广阔并拥有众多属国，包括马来亚半岛上的吉打、北大年、吉兰丹、彭亨，以及苏门答腊岛上的甘巴、罗坎、锡亚克、莫得腊其利等，马六甲这个宗主国将伊斯兰教定为国教并加以推广，这些属地、属国也很快被波及，就这样伊斯兰教很快在马来半岛（今天马来西亚、新加坡和泰国南四府等地区）传播开来。

而郑和下西洋又在客观上起到对南洋伊斯兰教传播推波助澜的作用。

郑和本是穆斯林世家出身（尽管出发前为安抚水手，也接受了佛戒），对同样信奉穆斯林且对明朝和他本人十分“恭顺”的马六甲王国有相当好感，在他的主导下，七下西洋的郑和船队将马六甲王国当作重要中转站和最可靠盟友，而马六甲王国也依靠明朝强大的政治、经济和军事影响力，进一步奠定了其在南洋的霸权——这也意味着伊斯兰教在南洋的统治地位真正巩固。

那么，今天菲律宾棉兰老岛和多国管理的加里曼丹岛，又如何伊斯兰化的？

公元13世纪，信奉伊斯兰教的米南加保人从南方苏门答腊岛迁徙到加里曼丹岛和棉兰老岛，1380年开始在两岛进行武装传教，建立殖民据点，其中在棉兰老岛并形成东、西、峒“三王”并存，以东王为首的政权形式（元代汪大渊《岛夷志略》中有记载），1457年“三王”合一，建立了地跨棉兰老岛和苏禄群岛的苏禄苏丹国。这个苏禄苏丹国势力最强大时，影响力曾波及加里曼丹岛和周围各小岛，但16世纪西班牙殖民军登陆后便逐渐衰退，领土萎缩到棉兰老一隅，被称为“摩洛兰”，但一直保持相对独立——甚至1902年美国取代西班牙统治菲律宾，“摩洛兰”也仍然“躲进小岛成一统”，翌年美国驻菲律宾当局宣称“摩洛兰”为非法土地，向该地区大量移民，才引发了菲律宾一直持续至今的“摩洛战争”，而“活化石”一般的苏禄苏丹国，在理论上至今也依然是存在的（苏禄苏丹东王第17世），只是没有了实权。

由于客观上不存在外源性的伊斯兰武力强权来袭（德里苏丹国势力到印度半岛南端已是强弩之末，郑和船队只是上层官员中有穆斯林，军队本身和明朝政府都不具备穆斯林属性），因此南洋岛国的穆斯林化便带有浓厚的自发性、商业传播性、选择性和“非强迫性”特色，带有更多印度教和密宗佛教特色的苏菲派、而非在其它地区更流行的教派兴盛一时，在爪哇等南洋穆斯林文化中心伊斯兰教的排他性始终有所收敛，其它宗教遗迹一般得到留存，信徒和信仰也能得到部分尊重。

但在南洋诸岛中苏门答腊却是个异数：尽管同样存在前述各种条件，但相对于爪哇，苏门答腊接受伊斯兰教更早、更主动，“舶来”色彩更明显，且带有鲜明的“借外力对抗爪哇人”特点，因此相对于其它南洋伊斯兰化地区，苏门答腊的伊斯兰教更保守、更好斗、更排他，也更容易受到穆斯林“国际圈”的影响。

由于是苏菲派而非其他教派率先影响南洋，因此这一地区的伊斯兰教传播带有一些特殊色彩，如尊奉和大量引入外来神职人员、典籍，教团的神秘性和小圈子性等，这些特殊色彩耐人寻味地在后来发挥了意想不到的作用。

随着殖民主义的入侵，南洋群岛大部分地区都不可避免地被殖民化，当地原有的小邦、酋长或无力抵抗，或转趋合作，而南洋各岛、半岛上的穆斯林则驾轻就熟地将希望寄托在“穆斯林国际圈”上，并利用南洋伊斯兰教特有的“神秘化”、“小团体化”属性，普遍地展开了“秘密斗争”，在这种斗争中南洋穆斯林一反当初传入时的“和平性”，捡起了对他们而言并不熟悉的刀剑，并掀起了带有浓厚苏菲派色彩的“非正统战法”，在“摩洛兰”、苏门答腊和泰国南四府等矛盾最尖锐的地区，这种问题也更突出，其中最典型的代表，则是上世纪40年代崛起于苏门答腊、爪哇和巴厘岛的“伊斯兰教之家”（Darul Islam）。

二战后南洋各国纷纷独立，但地缘政治冲突、文化冲突和国内教派冲突仍然持续不断，泰国南四府、菲律宾棉兰老和印尼苏门答腊亚齐等地都成为冲突集中发生的热点，而“苏菲血脉”所带来的“国际圈子化”、“神秘化”、“小团体化”色彩，又让当地极端激进穆斯林团体很容易受到国际原教旨网络的利用，如原本土生土长在菲律宾南部的“阿布沙耶夫”先是和“基地”眉来眼去，近日又“搭”上了“伊斯兰国”，而前面提到的“伊斯兰教之家”则演变为臭名昭著的“伊斯兰祈祷团”(Jemaah Islamiyah J.I.)，自阿富汗战争起就成为国际恐怖主义版图上举足轻重的一环了。